Ідея створення професійного футбольного клубу у Чернігові з’явилася ще в кінці 1980-х. 

Проте в реальності така структура була створена  в січні 1994р. Першим президентом ФК був І.В.Федорець.
За період з 1997 року клуб двічі реорганізовувався.
У серпні 2007 року президентом ФК "Десна”
обрано О.Ю. Савченка. Після того, як він покинув команду на початку 2009 року команду було передано новому власнику Валерію Олександровичу Короткову.
      

  Команда:
  Створена в 1960 р. Перша назва – "Авангард”.
З наступного сезону виступає під назвою "Десна”.  
Виступи:
  Чемпіонати СРСР:
 1960-1968 р. - клас "Б”;
 1969-1970 р. - 2 група класу "А”;
 1977-1989 р. - 2 ліга;
 1990-1991 р. - 2 ліга (республіканські зони);
  Чемпіонати незалежної України:
 1992-1994 р. - перша ліга;
 1994-1997 р. - друга ліга;
 1997-1999 р. – перша ліга;
 1999-2006 р. – друга ліга;
  З 2006 р. – перша ліга.

   Медалі:
Золоті:
  - За перемогу в груповому турнірі другої ліги чемпіонату України. (1997р.);
  - За перемогу в груповому турнірі другої ліги чемпіонату України. (2006р.).

Срібні:
  - За друге місце в турнірі украЇнської зони другої всесоюзної ліги (1982р.);
  - За друге місце в груповому турнірі другої  ліги (2004р.)
  - За друге місце в груповому турнірі другої  ліги (2005р.)
Бронзові:
  - за третє місце в груповому турнірі другої ліги (2003 р.)

Адреса клубу:
 Україна, м. Чернігів, вул. Шевченка, 61.
 Адміністрація сайту: +38(093)764-94-49